Top 10 logiciels facturation
électronique 2026 : le comparatif honnête

Internet regorge de « comparatifs » de logiciels de facturation — écrits par les logiciels eux-mêmes. Pennylane publie un comparatif où Pennylane gagne. Tiime publie un comparatif où Tiime gagne. Shine publie un comparatif où Shine gagne. Ce guide est différent : il est écrit par FactureValide, un convertisseur Factur-X — pas un concurrent de ces logiciels, mais un complément. On n'a pas d'intérêt à ce que vous choisissiez l'un plutôt que l'autre. On veut juste que vous soyez conforme — avec ou sans nous.

Les 5 critères qui comptent vraiment

Oubliez les listes de 47 fonctionnalités. Pour un indépendant ou une TPE, seuls 5 critères déterminent si un logiciel vous rend conforme à la réforme 2026 :

• Statut Plateforme Agréée (PA) : le logiciel est-il immatriculé PA par la DGFiP ? Si oui, il peut émettre et recevoir des factures électroniques directement. Si non, est-il raccordé à une PA ? Sans PA, impossible d'être conforme.
• Formats supportés : génère-t-il du Factur-X (le format le plus courant pour les TPE), de l'UBL, du CII ? Un logiciel qui ne génère que du PDF « simple » ne sera pas conforme.
• E-reporting intégré : gère-t-il le e-reporting B2C (transmission des données de ventes aux particuliers à la DGFiP) ? Indispensable pour les commerçants, restaurateurs, coiffeurs.
• Prix réel : pas le prix d'appel, mais le coût total pour un indépendant qui émet 10 à 50 factures/mois avec les fonctionnalités dont il a besoin.
• Facilité de migration : pouvez-vous importer vos données existantes (clients, historique) sans tout recommencer à zéro ?

Le tableau comparatif complet

Solution	Statut PA	Format	Prix (indépendant)	Idéal pour
Tiime	✓ PA	Factur-X	Gratuit (illimité)	Micro-entrepreneurs, simplicité maximale
Pennylane	✓ PA	Factur-X, CII	À partir de 14 €/mois	TPE/PME, collaboration expert-comptable
Indy	✓ PA	Factur-X	Facturation gratuite	Indépendants au régime réel, compta IA
Shine	PA en cours	Factur-X (roadmap)	Inclus avec compte pro (à partir de 0 €)	Micro-entrepreneurs, compte pro intégré
Qonto	✓ PA	Factur-X	Module factu gratuit	TPE, rapprochement bancaire automatique
Abby	✓ PA	Factur-X	Plan gratuit (micro)	Auto-entrepreneurs débutants
Evoliz	✓ PA	Factur-X	À partir de 16 €/mois	TPE, double certification NF203 + NF525
Axonaut	✓ PA	Factur-X	À partir de 42 €/mois	TPE/PME, CRM + gestion commerciale
Henrri	Raccordé PA	Factur-X	Gratuit (illimité)	Indépendants, zéro budget
FactureValide	Compatible PA	Factur-X EN 16931	Offert	Ceux qui veulent garder Excel/Word

Les solutions gratuites : Tiime, Abby, Henrri, Qonto

Tiime — le gratuit le plus complet

Tiime Invoice est 100 % gratuit, sans limite de factures, et immatriculé PA définitivement. C'est le logiciel que la plupart des micro-entrepreneurs devraient tester en premier. Il gère la facturation, la TVA multi-taux, le rapprochement bancaire et la collaboration avec un expert-comptable. Le plan gratuit inclut aussi un compte pro (Tiime Business). L'hébergement des données est en France. Son seul défaut : l'interface est parfois jugée moins « sexy » que Shine ou Pennylane — mais elle fait le job.

Abby — pensé pour les auto-entrepreneurs

Abby vise les micro-entrepreneurs avec un plan gratuit qui couvre la facturation Factur-X. L'outil est immatriculé PA. Il est plus limité que Tiime sur les fonctionnalités avancées (pas de rapprochement bancaire sur le plan gratuit), mais l'interface est claire et le parcours d'onboarding est excellent pour les débutants.

Henrri — le vétéran gratuit

Développé par Rivalis, Henrri est gratuit sans limite de factures, de devis ou d'utilisateurs. Il n'est pas lui-même PA mais se raccorde à une PA. L'outil est fiable (depuis 2016) mais son interface commence à dater. Pour ceux qui veulent un gratuit simple sans prétention, c'est un choix solide.

Qonto — la facturation gratuite du compte pro

Qonto propose un module de facturation 100 % gratuit, utilisable avec ou sans compte pro Qonto. La solution est immatriculée PA. L'avantage unique de Qonto : si vous avez le compte pro, le rapprochement bancaire entre factures émises et paiements reçus est automatique — vous voyez en temps réel quelles factures sont payées et lesquelles ne le sont pas.

Les solutions payantes : Pennylane, Indy, Shine, Evoliz, Axonaut

Pennylane — le plus complet pour les TPE/PME

Pennylane est le logiciel qui monte. Plus de 500 000 utilisateurs et 4 500 cabinets comptables partenaires. SA force : la collaboration en temps réel avec votre expert-comptable (il voit les mêmes données que vous). PA immatriculée, formats Factur-X et CII, certification SecNumCloud et ISO 27001. À partir de 14 €/mois pour les indépendants. Si vous avez un expert-comptable et que vous cherchez un outil complet, c'est probablement le meilleur choix rapport qualité/fonctionnalités.

Indy — la comptabilité IA pour indépendants

Indy se distingue par son IA qui catégorise automatiquement vos transactions et détecte les taux de TVA (5,5 %, 10 %, 20 %). La facturation est gratuite et illimitée, mais la vraie valeur est dans le module comptable (à partir de 12 €/mois). PA immatriculée, plus de 250 000 utilisateurs, et une note de 4,8/5 sur Trustpilot. Particulièrement adapté aux indépendants au régime réel qui veulent automatiser leur compta.

Shine — le compte pro des indépendants

Shine est d'abord un compte pro (à partir de 0 €/mois pour le plan Basic) avec facturation intégrée. L'outil travaille à sa certification PA (en cours mais pas finalisée en mars 2026). Shine est très apprécié pour son UX mobile — facturer depuis son téléphone après une mission est fluide. Si vous cherchez un compte pro + facturation dans le même outil, Shine est un bon choix. Vérifiez son statut PA avant de vous engager pour la facturation électronique.

Evoliz — le petit qui a tout d'un grand

Evoliz est PA immatriculée et doublement certifiée NF203 (logiciel de facturation) et NF525 (système de caisse). C'est un avantage unique pour les commerçants qui ont besoin d'un outil de facturation ET de caisse conforme. À partir de 16 €/mois. Moins connu que Pennylane ou Tiime, mais techniquement très solide.

Axonaut — le CRM qui facture

Axonaut est un outil de gestion tout-en-un (CRM, facturation, gestion de projet, RH) destiné aux TPE de 1 à 50 salariés. PA immatriculée. À partir de 42 €/mois — c'est le plus cher de ce comparatif, mais c'est aussi le seul qui intègre un CRM complet avec pipeline commercial. Si vous êtes une TPE avec des commerciaux et que vous voulez centraliser ventes + facturation, Axonaut est pertinent.

L'alternative : garder Excel et convertir en Factur-X

Tous les logiciels ci-dessus partent du même principe : vous abandonnez votre outil actuel et migrez vers leur solution. Mais beaucoup d'indépendants et d'artisans ont un modèle Excel ou Word qu'ils utilisent depuis des années, avec leur logo, leurs lignes de prestations, leur grille tarifaire. Tout recommencer à zéro est coûteux en temps — et c'est souvent ce qui bloque.

FactureValide prend un angle différent : vous gardez votre outil actuel. Vous continuez à créer vos factures sous Excel, Word ou PDF — et vous les convertissez en Factur-X conforme EN 16931 en 2 minutes. Le XML est généré automatiquement, le SIRET est vérifié, les taux de TVA sont préservés. Vous transmettez ensuite le fichier Factur-X via votre PA.

Quel logiciel selon votre profil ?

Micro-entrepreneur / freelance (< 5 factures/mois)

1er choix : Tiime (gratuit, PA, simple). Alternative : Abby (interface claire pour débutants). Si vous tenez à Excel : FactureValide. Et oui, même en franchise de TVA, vous êtes concerné par la réforme.

Consultant / prestataire de services (5-20 factures/mois)

1er choix : Indy (facturation gratuite + compta IA). Alternative : Pennylane (si vous travaillez avec un expert-comptable). Si vous avez des clients internationaux : Pennylane (gestion multi-devises). Pour les particularités TVA des consultants, voir notre guide consultant.

Artisan BTP (factures de situation, autoliquidation)

Les logiciels généralistes ne gèrent pas les factures de situation ni l'autoliquidation. 1er choix : Obat (avec BatiChiffrage) ou EBP Bâtiment. En attendant leur raccordement PA : FactureValide pour convertir vos factures de situation Excel en Factur-X. Voir nos guides plombier, électricien, maçon.

Commerçant / restaurateur (B2C dominant)

Votre priorité est le e-reporting B2C, pas l'e-invoicing. 1er choix : Evoliz (doublement certifié NF203 + NF525, caisse + facturation). Alternative : votre caisse enregistreuse existante si elle sera raccordée à une PA pour le e-reporting. Pour les rares factures B2B (fournisseurs, traiteurs) : FactureValide. Voir nos guides boulanger, coiffeur, restaurateur.

TPE / PME (> 50 factures/mois, équipe)

1er choix : Pennylane (collaboration EC, multi-utilisateurs). Si vous avez besoin d'un CRM intégré : Axonaut. Si budget serré : Qonto (facturation gratuite + compte pro).

Les 5 pièges à éviter quand on choisit son logiciel

• Piège n°1 — Confondre OD et PA. Un Opérateur de Dématérialisation (OD) gère vos factures, mais n'est pas forcément habilité à les transmettre à l'administration. Seule une Plateforme Agréée (PA) immatriculée par la DGFiP peut le faire. Vérifiez que votre logiciel est PA — pas juste OD.
• Piège n°2 — Choisir un logiciel sans Factur-X natif. Certains logiciels génèrent du PDF simple et promettent « l'export Factur-X bientôt ». Bientôt, c'est quand ? Vérifiez que le format Factur-X (ou UBL/CII) est déjà disponible, pas en roadmap.
• Piège n°3 — Ignorer le e-reporting si vous faites du B2C. La plupart des comparatifs se focalisent sur l'e-invoicing (factures B2B). Mais si vous vendez à des particuliers — même ponctuellement — vous devez aussi transmettre vos données de vente via le e-reporting. Vérifiez que votre logiciel le gère.
• Piège n°4 — Se fier aux promesses « sera PA bientôt ». La liste officielle des PA immatriculées est sur impots.gouv.fr. Si votre éditeur n'y est pas, c'est un fait — pas une promesse. Préparez un plan B.
• Piège n°5 — Croire que la franchise de TVA dispense de tout. Vous ne facturez pas de TVA, mais vous êtes quand même assujetti. Réception obligatoire dès septembre 2026, émission Factur-X dès septembre 2027. Votre logiciel doit gérer la mention « TVA non applicable — art. 293 B du CGI » dans le XML Factur-X.

Questions fréquentes